Nossa equipe de Diagnóstico Molecular está agora equipada com um novo laboratório de Sequenciamento de Nova Geração (do inglês, Next Generation Sequencing ou apenas NGS) e queremos compartilhar mais sobre ele. Para isso, fizemos uma sessão de P&R com Soledad Ulloa, nossa Chefe de Diagnóstico Molecular.
Confira as respostas abaixo:
1. O que é um laboratório NGS? O que esta tecnologia nos permite?
Um laboratório NGS, que significa Next Generation Sequencing, é onde amostras de ácidos nucléicos (DNA ou RNA) são processadas para sequenciamento paralelo maciço (muitas amostras simultaneamente) e de alto rendimento (obtenção de uma grande quantidade de dados para análise).
Através do NGS, podemos decifrar a informação genética de um organismo para conhecer as características de seu genoma, tais como: comprimento do genoma, fatores de virulência, genes de resistência antimicrobiana, presença de plasmídeos, clonagem, presença de profágenos, entre outros. Estas informações permitem à PhageLab® desenvolver produtos especificamente direcionados contra o agente infeccioso a ser combatido, e recomendar medidas de contenção e melhoria contínua aos clientes.
2. Como isso torna nosso processo mais rápido e melhor?
Na PhageLab®, a área de Diagnóstico Molecular possui equipamentos de larga escala de biologia molecular e a implementação deste novo laboratório nos permite fortalecer nossas capacidades, pois agora temos um espaço dedicado e equipamento exclusivo para trabalhar com as amostras que são sequenciadas. Isto nos permite ser o laboratório de diagnóstico molecular mais rápido da indústria pecuária, com um foco especial na Saúde Animal.
3. O que é exatamente a tecnologia Illumina?
A tecnologia Illumina torna possível decifrar informações genéticas através de um sequenciamento de alta qualidade e profundidade de pequenos fragmentos de DNA. A taxa de erro desta tecnologia é muito baixa, portanto, a sequência obtida é altamente confiável. Entretanto, os pequenos fragmentos tornam difícil manipular a grande quantidade de dados obtidos para cada amostra: é como tentar montar um quebra-cabeça de peças muito pequenas sem ter a imagem final a que queremos chegar (para montagens de novo). Para montar estes quebra-cabeças, nossa equipe de bioinformática desenvolveu algoritmos específicos para estruturar as informações e fornecer um resultado altamente confiável.
4. O que Nanopore faz?
A tecnologia Nanopore também permite um sequenciamento profundo, mas com uma qualidade inferior, o que torna o resultado menos confiável. A vantagem desta tecnologia é o comprimento dos fragmentos sequenciados, que são pelo menos 150 vezes maiores do que os sequenciados pelo Illumina, com os protocolos que estamos usando na PhageLab®. Isto facilita muito a manipulação dos dados porque, seguindo a analogia acima, se tivermos um quebra-cabeça feito de duas peças gigantes, não precisamos da imagem de referência para poder montá-lo facilmente.
A grande vantagem de ter ambas as tecnologias implementadas no Diagnóstico Molecular é que agora podemos complementar informações e aproveitar os benefícios de cada uma: a facilidade de montagem de genomas usando Nanopore e a alta qualidade das sequências obtidas pela Illumina.
PhageLab® é uma marca registrada no Chile, Europa, México, Peru e Reino Unido, e como marca nominativa no Chile e Brasil.
