Nuestro equipo de diagnóstico está ahora equipado con un nuevo laboratorio de NGS. Le pedimos a Soledad Ulloa, nuestra Head of Molecular Diagnostics, que nos cuente más sobre este laboratorio y cómo funciona.
1. ¿Qué es un laboratorio NGS y qué nos permite esta tecnología?
Un laboratorio de NGS, siglas en inglés de Next Generation Sequencing, es aquel donde se procesan muestras de ácidos nucleicos (ADN o ARN) para su posterior secuenciación de forma masiva (muchas muestras simultáneamente) y de alto rendimiento (obtención de gran cantidad de datos para analizar).
Mediante NGS, podemos descifrar la información genética de un organismo para conocer las características de su genoma tales como: largo del genoma, factores de virulencia, genes de resistencia a antimicrobianos, presencia de plásmidos, clonalidad, presencia de profagos, entre otros. Esta información permite a PhageLab® desarrollar productos específicamente dirigidos contra el agente infeccioso que se quiera combatir, y recomendar a los clientes medidas de contención y mejora continua.
2. ¿Cómo hace nuestro proceso más rápido y mejor?
En PhageLab®, el área de Diagnóstico Molecular cuenta con amplio equipamiento para biología molecular; y la implementación de este nuevo laboratorio nos permite fortalecer nuestras capacidades, ya que ahora contamos con un espacio dedicado y equipamiento exclusivo para trabajar con las muestras que son secuenciadas. Esto nos permite ser el laboratorio de diagnóstico molecular más rápido de la industria agropecuaria, con un especial enfoque en la Salud Animal.
3. ¿Qué es exactamente la tecnología Illumina?
La tecnología Illumina permite descifrar la información genética, mediante la secuenciación en profundidad y de alta calidad, de fragmentos cortos de ADN. La tasa de error de esta tecnología es muy baja, por lo tanto, la secuencia obtenida es altamente confiable. Sin embargo, al tratarse de fragmentos cortos, se dificulta la manipulación de la gran cantidad de datos obtenida para cada muestra: es como intentar armar un rompecabezas de piezas muy pequeñas sin tener a mano la imagen final a la que queremos llegar (para ensambles de novo). Para armar estos rompecabezas, nuestro equipo de bioinformática ha desarrollado algoritmos específicos, para así ensamblar la información y entregar un resultado altamente confiable.
4. ¿Qué hace el Nanopore?
La tecnología Nanopore también permite la secuenciación en profundidad, pero de una menor calidad, lo que hace que el resultado sea menos confiable. La ventaja de esta tecnología consiste en el largo de los fragmentos secuenciados, ya que son al menos 150 veces más largos que los secuenciados por Illumina, con los protocolos que estamos utilizando en PhageLab®. Esto facilita muchísimo la manipulación de los datos ya que, siguiendo con la analogía anterior, si tenemos un rompecabezas conformado por 2 piezas gigantes no necesitamos la imagen de referencia para poder armarlo fácilmente.
La gran ventaja de contar con ambas tecnologías implementadas en Diagnóstico Molecular es que ahora podemos complementar información y aprovechar las bondades de cada una: la facilidad para ensamblar genomas mediante Nanopore y la alta calidad de las secuencias obtenidas por Illumina.
PhageLab® está registrada como marca comercial en Chile, Europa, México, Perú y Reino Unido, y como marca denominativa en Chile y Brasil.
